每三波敌人会出现一波BOSS关卡，BOSS关卡在出现前会有10秒的倒计时提醒来让玩家准备，另外BOSS关卡只会在地图中路出现敌人，这时需要其他两路的玩家和游走玩家迅速集中在中路拦截BOSS和其他小怪。
BOSS会是剧情副本出现过的BOSS，并且按照等级和难度递增，前期第三波会可能出现万三九六、青木武士等一些玩家在低等级击败过的BOSS，但随着波数越多，玩家遇到的BOSS就会越强，不可以掉以轻心。
需要注意的是除了BOSS外，会有一波特殊的小怪，它们不会主动攻击玩家，而是会直接冲向娜可露露的所在地，需要玩家主动去拦截，不然很有可能在玩家与BOSS厮杀时，小怪就把娜可露露偷偷击败了。
击败一个BOSS后会获得结界精魄礼包，可以开出BOSS的精魄魂珠，可以用来强化装备属性。同时每击败一个魔物全队都会获得金判奖励。
一般在玩家击败第三波的第一个BOSS后，魂值的数量便可以进行升级了，点击进入魂值升级界面，可以看到有三个升级分类：神灵加持每次升级的后可以提升全队玩家攻击力、生命值和防御5%;
